C’est en tant que pianiste qu’Alexis Duffaure s’engage dans la musique à l’âge de 5 ans. Passionné par la direction, il obtient en 2004 son diplôme de direction de chœur avec félicitations du jury dans la classe d’Eliane Lavail au conservatoire de Bordeaux et son diplôme supérieur de direction d’orchestre à l’École Normale de Musique de Paris dans la classe de Dominique Rouits.
Pendant 10 ans, le conservatoire de Bordeaux lui confie la direction de l’orchestre symphonique, l’ensemble à cordes et le Grand Chœur. En mai 2009, il gagne le prix international de direction de chœur au Florilège Vocal de Tours avec « Le Chœur Voyageur » qui obtient les trois premiers prix du concours national.
Pendant 7 ans, il est chargé de cours à l’université de musicologie de Bordeaux – Montaigne.
Il possède en outre une licence de musicologie, des prix d’harmonie, de contrepoint et de fugue avec félicitations du jury et deux prix de la SACEM, ainsi que son DEM de percussion au Conservatoire de Bordeaux dans la classe de Jean-Daniel Lecocq.
Il travaille pour l’Opéra National de Bordeaux en tant que directeur artistique dans les projet « Ma voix et toi » et le « Labo de la voix » de 2009 à 2016. Il intervient également comme récitant dans les concerts pédagogiques de l’Orchestre National de Bordeaux Aquitaine. En 2017, il devient chef de chœur assistant auprès Salvatore Caputo.
Il est actuellement Maître de Chapelle de la cathédrale de Bordeaux, directeur artistique de CATHEDRA et dirige également « Le Chœur Voyageur » et les deux chœurs de la Maîtrise de Bordeaux.
En décembre 2017, l’Académie Nationale des Sciences, Arts et Belles Lettres de Bordeaux lui décerne le prix MUSIQUE pour le travail accompli à Bordeaux en faveur de la musique.
